Das Nervensystem hat zwei Subsysteme, das sympathische und das parasympathische Subsystem. Diese beiden Subsysteme können entweder unabhängig voneinander arbeiten oder kooperativ interagieren.

Das sympathische Subsystem führt oft zu einer Kampffluchtreaktion auf eine Situation. Eine Kampfflugsituation verursacht einen Anstieg der Atmung, des Herzschlags, des Blutdrucks und sogar des Cholesterinspiegels im Blut. Kampffluchtreaktionen bereiten eine Person darauf vor, in einer gefährlichen Situation entweder zu kämpfen oder davonzulaufen. Dieser dynamische Zustand ist mit Spannung, Aktivität, Bewegung und Leistung verbunden. Durch AT kann ein Heilungsprozess aktiviert werden und das Gleichgewicht zwischen den beiden Gehirnhälften erreicht werden. Das parasympathische Subsystem, auch als Entspannungssystem bekannt, dienen dazu einen Zustand physiologischer Entspannung und rundum einwandfreier Körperfunktionen zu fördern.

Die beiden Subsysteme sollten gut ausbalanciert sein und für eine perfekte Gesundheit harmonisch zusammenarbeiten. Das autogene Training hilft dem Körper, dieses Gleichgewicht wieder herzustellen. Autogenes Training fokussiert sich auf negative Stresssymptome, wie z.B. Schlaflosigkeit, Kopfschmerzen, Angstzustände, Depressionen, Konzentrationsschwäche, Selbstwertgefühl und Selbstvertrauen.

Autogenes Training aktiviert den Heilungsprozess und unterstützt das elektronische Gleichgewicht zwischen den Aktivitäten der zwei Gehirnhälften. So wird es möglich, dass die dominante und die nicht-dominante Gehirnhälfte wieder harmonisch zusammenarbeiten - die richtige nicht-dominante Gehirnhälfte kann hervortreten und sich freier und effektiver ausdrücken kann. Die linksdominante Seite ist verantwortlich für analytisches Denken, mathematische und sprachliche Fähigkeiten, Rechnen, konvergentes Denken und lineare Art der Informationsverarbeitung. Bei intuitiven Interpretationen und Überzeugungen ist die rechte, nicht dominante Seite für die Verarbeitung von Informationen und Material aus verschiedenen Bereichen, einschließlich der Sinne, verantwortlich. Es ist auch für fantasievolle Arbeit, Musik und Kunst zuständig. Diese Seite des Gehirns entwickelt Liebe, Mitgefühl und altruistisches Verhalten. 

Wir leben in einer komplexen Welt, in der wir mit enormen Mengen an Reizen umgehen müssen. Im Allgemeinen können wir diese Reize recht gut filtern. Negative Emotionen wie z. B. Wut oder Traurigkeit sind natürliche Nebenprodukte der Verarbeitung. Diese negativen Emotionen können, wenn sie nicht kontrolliert werden, erhebliche geistige und körperliche Probleme verursachen.